天手让叶是名女高中生，在空中的宇宙殖民卫星过着平静的生活。 但在遇到难民少女尼娅安后，她被卷入了非法MS决斗竞技军团战之中。她化名玛秋参赛，驾驶着GQuuuuuuX，每日投身激烈的战斗。同时，被宇宙军和警察两方追捕的神秘MS高达及其驾驶员──少年修司，出现在她们面前。 接着，世界迎向了新时代。...

故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技军团战，她驾驶着神秘最新型MSGQuuuuuuX（吉夸克斯）投身其中，而被通缉的神秘MS高达驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来.........